<div dir="ltr"><div><div><div>Hi,<br><br></div>I have the same problem on the development server. I tried to follow Stuart's instructions but is not successful. I cannot get to reinstall LONCAPA-prerequisites (step (c)). I must not have disable epel properly. Any suggestion how to fix the problem?<br>

<br></div>Thanks,<br></div>-hk<br><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Thu, Jun 19, 2014 at 10:39 PM, Todd Ruskell <span dir="ltr"><<a href="mailto:todd.ruskell@gmail.com" target="_blank">todd.ruskell@gmail.com</a>></span> wrote:<br>

<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">



<div>
<div dir="ltr">Good call, Stuart.  This was exactly it.  As always, thanks for the help and your quick response.
<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><div>
<div><br>
</div>
<div>Todd</div>
</div>
</font></span></div><div><div class="h5">
<div class="gmail_extra"><br>
<br>
<div class="gmail_quote">On Thu, Jun 19, 2014 at 12:25 PM, Stuart Raeburn <span dir="ltr">
<<a href="mailto:raeburn@msu.edu" target="_blank">raeburn@msu.edu</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Todd,<br>
<br>
My guess is that you have included the EPEL repo (<a href="http://dl.fedoraproject.org/pub/epel/5/" target="_blank">http://dl.fedoraproject.org/<u></u>pub/epel/5/</a>) in your enabled repos.<br>
<br>
The version of R available from EPEL 5 is R-3.1.0.el5, but the LON-CAPA CentOS 5 repository (<a href="http://install.loncapa.org" target="_blank">http://install.loncapa.org</a>) has R-2.13.0-1.el5.<br>
<br>
Packages such as R-quadprog available from the LON-CAPA CentOS 5 repo were built against this older version of R.<br>
<br>
When time allows (in the near future) I will look into building updated R-* packages against R-3.1.0, and testing with LON-CAPA 2.11.0.<br>
<br>
If my diagnosis is correct, then one solution for you for now would be to:<br>
<br>
(a) temporarily disable use of the epel repo<br>
(b) use:<br>
<br>
yum remove R-core<br>
<br>
to remove R, R-core, and the other R-* packages, as well as the LONCAPA-prerequisites rpm<br>
<br>
(c) do:<br>
yum install LONCAPA-prerequisites<br>
<br>
to re-install R, R-core etc. and the LONCAPA-prerequisites rpm from the LON-CAPA CentOS 5 repo<br>
<br>
(d) re-enable the epel repo<br>
(e) temporarily block update of R and R-core by adding:<br>
<br>
exclude=R,R-core<br>
<br>
to /etc/yum.conf<br>
<br>
Once I have updated the LON-CAPA CentOS repo with newer R-* packages built against R-3.1.0 you should remove the line: exclude=R,R-core<br>
<br>
<br>
Stuart Raeburn<br>
LON-CAPA Academic Consortium
<div>
<div><br>
<br>
<br>
Quoting Todd Ruskell <<a href="mailto:todd.ruskell@gmail.com" target="_blank">todd.ruskell@gmail.com</a>>:<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
When trying to patch our machines, they fail with "Missing Dependency:<br>
libRblas.so is needed by package R-quadprog-1.4.12-0.centos5.<u></u>lc.i386<br>
(loncapa-updates-basearch)"<br>
<br>
If you look for the library it's there, but it seems there's something<br>
wrong with either the yum database or the package itself. Cleaning caches<br>
doesn't help. Any ideas?<br>
<br>
Thanks,<br>
Todd<br>
<br>
</blockquote>
<br>
</div>
</div>
______________________________<u></u>_________________<br>
LON-CAPA-admin mailing list<br>
<a href="mailto:LON-CAPA-admin@mail.lon-capa.org" target="_blank">LON-CAPA-admin@mail.lon-capa.<u></u>org</a><br>
<a href="http://mail.lon-capa.org/mailman/listinfo/lon-capa-admin" target="_blank">http://mail.lon-capa.org/<u></u>mailman/listinfo/lon-capa-<u></u>admin</a><br>
</blockquote>
</div>
<br>
</div>
</div></div></div>

</blockquote></div><br></div></div>